Microsoftアプリケーション全般に言えることですが、入力支援設定(段落の先頭のアルファベットを自動的に大文字にするなど)があらかじめオンになっています。この設定がオンになっていると、入力者の意図したとおりの文字が入力できないことがあります。入力支援設定はすべてオフの状態でお使いください。

【長音記号】
通常、欧文フォントの指定の時にキーボードの¥マークをタイプした場合、半角のバックスラッシュ(左右反転のスラッシュ)が入力されますが、Microsoft Wordは自動的にバックスラッシュを¥マークに変換する機能を備えていますので、欧文フォントであっても¥マークが出力されます。
HatsuonKigoSHBではバックスラッシュには小さな三角形が上下に並んだ母音の長音記号が、¥マークにはGの小文字が割り当てられていますので、Microsoft Wordで母音の長音記号を入力しようとするとGの小文字が入力されてしまうことがあります。その場合は以下の方法で設定を変更してみてください。(各バージョンで設定項目の位置や言葉が異なりますのでご注意ください)

●Word 6 以前
オプションを選択、[互換性]のタブをクリック、
『バックスラッシュを円記号に変換しない』のチェックボックスにチェックを入れる
●Word 98
ツールメニューから初期設定を選択、[互換性]のタブをクリック、
『バックスラッシュを円記号に変換しない』のチェックボックスにチェックを入れる
●Word 2001
編集メニューから初期設定を選択、[互換性]のタブをクリック、
『バックスラッシュを円記号(¥)に変換する』のチェックをはずす
●Word X for Mac
環境設定を選択、[互換性]の中にある
『バックスラッシュを円記号(¥)に変換する』のチェックをはずす

欧文フォントで¥マークを入力したい場合は、Option+Yで直接タイプする事ができます。たいていの欧文フォントには¥マークが用意されていますが、何も出力されない場合は¥マークは用意されていません。これはアップルメニューからキー配列を選択、欧文フォントを選択しオプションキーを押す事で確認する事ができます。

【入力できない文字がある】
問題となっているのは、Word2001以前・OS9.x・JISキーボードでの組み合わせです。弊社製品の開発はOS8.x時に行われたもので、Word98、Word2001ともこの時点では問題ありませんでした。

Microsoftによると、OS8以降でJISキーボードのキーストローク処理が変更になったことにより発生する現象のようです。したがって、発音記号だけでなく、他のほとんどすべての書体に関しても同様の現象が確認できますし、バックスラッシュのみならず、他のキーでも発生いたします。

対処法といたしましては、

・OS Xで起動、Word X以降にて作業
 #Word X以降ではこの件に関して修正済み

・ASCII配列キーボードを使用
 #弊社にて正常動作確認済み

・Mac OS8.xを以前を使用
 #最新マシンにはインストールできません

・別アプリケーションにて入力し、テキストを
 Wordドキュメントにコピー
 #エディタ『Jedit4』で確認済み

また、お使いのIM(Input Method、日本語入力プログラム)を工夫することで入力できる可能性もあります。
日本語入力プログラムに設定につきましては、各開発元へお問い合わせください。